データベース

Protein Data Bank Japan (PDBj)

日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、JST-NBDC、AMED-BINDSと大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費（文部科学省）の支援を受け、 米国RCSB、 BMRB、および欧州 PDBe、EMDBと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたPDBアーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供しております。

• 蛋白質構造データバンク

  蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank：PDB）は実験的に決定した生体高分子の３次元構造を保存する世界で唯一のデータベースです。日米欧の地域拠点がworldwide Protein Data Bank（wwPDB）という組織を構成し、共同で登録・維持・管理を行っています。日本蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank Japan: PDBj）はwwPDBの設立メンバーであり、アジア・中東地区からのデータ処理・登録を分担して、全てのPDBデータを大阪大学から世界に発信しています。（PDBアーカイブはJST-NBDCと文部科学省の共同利用・共同研究拠点活動経費による支援を受けています）

  

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• 生体系NMR実験データバンク

  生体系NMR実験データバンク（BioMagResBank: BMRB）は生体高分子の核磁気共鳴法による実験データを保存するデータベースです。BMRBの本部は米国コネチカット大学にありますが、日本蛋白質構造データバンク（PDBj）では、コネチカット大学との間に覚書を結んで、日本分室（BMRBj）を設置しています。BMRBjは、アジア・中東地区からの生体系NMR実験データの登録・処理を行い、全てのBMRBデータを大阪大学から世界に発信しています。（BMRBアーカイブはJST-NBDCと文部科学省の共同利用・共同研究拠点活動経費による支援を受けています）

  

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• 電子顕微鏡マップデータバンク

  電子顕微鏡マップデータバンク（Electron Microscopy Data Bank: EMDB）は電子顕微鏡構造解析法により決定されたマップを集めたデータベースで、アジア・中東地区からのデータは蛋白質研究所のPDBjがアノテーションを付し、日米欧の協力体制の下で一つのデータベースとして公開している（https://pdbj.org/emnavi/）。低解像度のマップは原子座標を伴わないが、単粒子構造解析法により高分解能で決定されたマップは原子座標を構築することができ、蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank: PDB）に関連する座標データが保存される。（EMDBの活動はAMED-BINDSによる支援を受けています）

  

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• 電子顕微鏡画像データベース

  電子顕微鏡画像データベース（Electron Microscopy Public Archive : EMPIAR）は、クライオ電子顕微鏡構造解析に用いる2次元撮影画像と関連する実験データを保存するデータベースです。EMPIARの本部は欧州分子生物学研究所（EMBL）が英国に設立した欧州情報学研究所（EBI）にあります。日本蛋白質構造データバンク（PDBj）では、EMBL-EBIとの間に覚書を結んで、日本国内でのデータ配布活動を開始しました。日本国内からの実験データ登録を分担し、単粒子クライオ電子顕微鏡画像データを大阪大学から世界に発信しています。（EMPIAR-PDBjの活動はAMED-BINDSによる支援を受けています）

  

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